Xã Nội Thôn nằm ở phía đông bắc huyện Hà Quảng, có vị trí địa lý:

• Phía đông giáp xã Tổng Cọt
• Phía tây giáp xã xã Lũng Nặm
• Phía nam giáp các xã Hồng Sỹ, Thượng Thôn và Tổng Cọt
• Phía bắc giáp Trung Quốc và xã Cải Viên.

Xã Nội Thôn có diện tích 35,76 km², dân số năm 1999 là 2.212 người[1] mật độ dân số đạt 62 người/km².

Trên địa bàn xã có các ngọn núi như Cà Tểnh, Khuổi Phia, Lũng Chuông, Phia Bốc, Phia Bưng, Phia Théc, Phia Ung, Phia Rừu, Tu Thìu, Lũng Pết. Tuyến tỉnh lộ 210 chạy qua địa bàn phía nam theo chiều đông - tây.